Порядок включения:

1. Включить профиль безопасности на сервере
2. Включить профиль на базе
3. Перезапустить агент сервера
4. Нужный код расширить, как в примере

&Вместо("ЗаполнитьДанныеПоРасчетам")
Процедура итмс_ЗаполнитьДанныеПоРасчетам(ДанныеДокумента)
	// отключение контроля прав при заполнении сверки
	УстановитьПривилегированныйРежим(Истина); 
	//
	// типовой код без изменений
КонецПроцедуры

Особенности

Привилегированный режим действует в рамках 1-й процедуры или функции от ее начала до конца, дальше выключается автоматически.