Если по инструкции, то все будет попадать куда нужно. Там все подробно описано и продемонстрированы чеки. Объясню кратко как это работает.

1) Создается 1 нераспределяемая наценка, со ссылкой на блюдо, у которого указывается тип "платеж" - это важно!

2) Создается 1 или 2 причины внесения.

а) Если используются только фискальные предоплаты (наличка и безналичка), то создается причина со ссылкой на эту наценку и валютой зачета "фискальный зачет аванса". У этой валюты обязательно указывается тип фискальности "фискальный чек" и фискальный тип "3" для атолов.

б) Если используются еще и нефискальные предоплаты, которые не должны никак отражаться в ФР (неплательщики и т.п.), то создается еще одна причина со ссылкой на ту же наценку и валютой зачета "зачет аванса" (можно переименовать в нефискальный зачет аванса). У этой валюты обязательно указывается тип фискальности "суммарно с вычетанием", чтобы он не попадал в ФР.

Теперь о том, как это работает.

1) Вносим предоплату в заказ наличкой и выбираем причину для фискальных предоплат - в этот момент печатается фискальный чек НАЛИЧНЫМИ с значением реквизита предмета расчета ПЛАТЕЖ (ВЫПЛАТА) АВАНС. Эта сумма попадает в отчет с гашением в наличные - вы же по факту сейчас получили деньги от клиента.

2) При закрытии заказа с такой предоплатой печатается еще один фискальный чек с перечнем блюд, в котором будет информация о предварительной оплате АВАНС на сумму предоплаты. Эта сумма не попадает в отчет с гашением в наличку (и в безнал тоже не попадает). Эта сумма попадает в "3ю секцию", которая в атоле соответствует авансовым платежам.

3) При внесении предоплаты безналом происходит все тоже самое, только первый чек попадает в безналичные в отчете с гашением.

4) При внесении предоплаты нефискальной валютой, не печатается фискальный чек (если это действиельно нефискальная валюта) и не печатается второй чек, при закрытии заказа с предоплатой - то есть аванс в этом случае вообще никак не отражается в ФР.
Главное не перепутать причины - если для фискальной предоплаты выбрать нефискальную причину, то второго чека гашения аванса не будет, если для нефискальной предоплаты выбрать фискальную причину, то второго чека не будет.

Так же инструкция https://support.ucs.ru/ru/node/9035